C'est difficile de vous aider , on a pas assez d'éléments :

La première chose à faire à mon avis est de savoir ce qui relève de la pointeuse et ce qui relève des décision de l'employeur :

admettons que vous arrivez à 7h55 et que vous pointer à ce moment là :
la pointeuse enregistre-t-elle : 7h55 ou 8h (l'heure de début de travail)? idem si vous partez à 17h05 enregistre-t-elle juste 17h, l'heure de fin ou la réelle heure, avec son fonctionnement 1 seconde = 1 mn?

Si elle est exacte : c'est à dire qu'elle enregistre vraiment 7h55 ou 17h55

C'est que la décision de compter 8h et 17h relève de votre patron

donc l'affaire est différente :
si c'est la pointeuse qui est innexacte, il faut le prouver (voir plus loin)

Si c'est le patron, il faut voir s'il y a un écrit vous demandeant de pointer à la minute.

s'il y a pas d'écrit et que la pointeuse est exacte :
le jours où on vous compte 1 mn de plus pour votre seconde supplémentaire, vous pointer 1 mn plus tard le soir et si votre patron vous demande de rattrapper, vous répondez qu'étant donné qu'une seconde suplémentaire est compté 1mn : vous avez déjà effectué ce temps en donnant les jours et minutes précises où vous êtes partis plus tard d'une minute.(en corrélation avec sa pointeuse): vous avez donc déjà rattrapper le temps.
S'il vous le demande oralement ; vous répondez oralement; s'il fait un écrit : vous demandez un écrit justifiant de vos heures ; et vous lui répondez exactement cela par LRAR.

Pour les retards,(les vrais retard, pas le temps de comptabilité de la machine)c'est plus délicat :
En effet, si vous faites votre temps, il ne peutpas vous reprocher de ne pas avoir fait votre temps (donc vous ne rattrappez pas plus que ce que vous lui avez enlevé) mais il peut vous reprocher le retard qui devient une faute s'il est répété et qu'il dérange le service.
Donc soit vous jouez le jeu du rattrappage (en lui demandeant par écrit quand il souhaite que vous rattrappiez?)soit vous faites pareils vous partez plus tard; quoiqu'il en soit vous devez lui écrire et arguer du fait que cela reste exeptionnel (expliquer la raison) et que cela n'a pas dérangé le service avec de vrai argument (par exemple si vous travaillez seule, que vous avez remis le travail à temps, que l'heure d'arrivée des clients est plus tard..;en fonction de votre situation)

S'il y a un écrit qui atteste de l'obligation de pointer à la minute : les employés doivent se lèvaient du bureau 10 mn avant; tant pis si c'est mal vu et partir à l'heure pile.

De même s'il y a un écrit, je vous conseillerai de l'avertir lorsque la pointeuse a compté 1 mn supllémentaire pour une seconde et que vous partirez donc 1 seconde plus tard; pour expliquer que votre départ s'effectue à 17h01

Sinon, les différentes solutions possibles :

Si votre entreprise a suffisamment d'employés : elle doit avoir un CHSCT; c'est eux qu'il faut alerter du problème. (le CHSCT est le comité d'hygiène et sécurité et condition de travail : ce sont des salariés de votre entreprise élus (souvent les syndicats)chargés de s'occuper de ces questions; quand le nombre d'employés est suffisant) s'il y en a pas : créer le : c'est une obligation de l'employeur!

Sans CHSCT : contacter les syndicats

Si les employés ne peuvent pas pointer à cause de la file d'attente : mettez vous d'accord avec vos collègues pour faire un mail tous les jours en précisant que vous étiez dans l'impossibilité de pointer à cause de la file d'attente; et faites vous les uns et les autres des témoignages : il ne pourra pas virer tout le monde!!!