Le secrétaire général du haut conseil est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de l'éducation pour une durée de trois ans. Les moyens du secrétariat général sont fournis conjointement par la délégation au développement et aux affaires internationales du ministère de la culture et par la direction de l'enseignement scolaire du ministère de l'éducation nationale.