Les dépenses du Centre international d'études pédagogiques comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement, les frais financiers ainsi que, d'une manière générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.
L'agent comptable du Centre international d'études pédagogiques est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.
Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, le Centre international d'études pédagogiques est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.
Des régies de dépenses et de recettes peuvent être instituées auprès du Centre international d'études pédagogiques, conformément au décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et régies d'avances des organismes publics.