La formation d'apprenti junior définie à l'article L. 337-3 se déroule au cours des deux dernières années de la scolarité obligatoire mentionnée à l'article L. 131-1.

L'admission dans la formation d'apprenti junior est prononcée par le chef d'établissement du lycée professionnel ou le directeur du centre de formation d'apprentis dans lequel est ouverte la formation d'apprenti junior. Elle intervient à la rentrée de l'année scolaire suivante. Elle peut intervenir, par dérogation du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie, pendant l'année scolaire en cours.

L'élève inscrit dans une formation d'apprenti junior dans un lycée professionnel ou un centre de formation d'apprentis continue d'être rattaché à son établissement d'origine pendant toute la durée de cette formation. Cet établissement est informé régulièrement du déroulement de la formation.

Pour tout élève admis en formation d'apprenti junior, un bilan des connaissances et des compétences acquises, notamment au regard du socle commun de connaissances et de compétences mentionné à l'article L. 122-1-1 , est effectué à l'entrée au lycée professionnel ou au centre de formation d'apprentis. Ce bilan sert de base à l'élaboration du projet pédagogique personnalisé mentionné au deuxième alinéa de l'article L. 337-3.

Le projet pédagogique personnalisé définit, pour l'ensemble de la formation d'apprenti junior, les périodes de formation donnant lieu à des bilans d'étape.

Le chef d'établissement du lycée professionnel ou le directeur du centre de formation d'apprentis dans lequel est ouverte la formation d'apprenti junior désigne au sein de l'équipe pédagogique un tuteur chargé de suivre l'apprenti junior durant sa formation.

En coordination avec les autres membres de l'équipe pédagogique, le tuteur organise des entretiens avec l'apprenti junior afin de procéder à des évaluations régulières de la formation, assure la liaison avec son établissement d'origine et avec les entreprises qui l'accueillent en stage ou en apprentissage, recherche tout appui susceptible de l'aider à résoudre d'éventuelles difficultés liées à sa formation ou à sa vie personnelle.

Les stages en milieu professionnel effectués pendant le parcours d'initiation aux métiers sont des stages d'initiation tels que définis aux articles D. 331-11 et D. 331-12 du présent code, aux articles R. 715-1 et suivants du code rural et de la pêche maritime, aux articles 111 et 114 du code du travail maritime ou par le décret n° 2006-534 du 10 mai 2006 relatif à la protection des jeunes âgés de moins de dix-huit ans embarqués sur les navires.
Durant ces stages, l'apprenti junior est suivi par un tuteur. Le chef de l'entreprise où est effectué le stage peut assurer lui-même le tutorat ou désigner un tuteur parmi les salariés de l'entreprise, ayant au moins un an d'ancienneté dans celle-ci.
Le nombre maximal d'apprentis juniors suivis par un même tuteur est fixé à deux.
Lorsqu'un stage en milieu professionnel tel que défini à l'article L. 331-5 excède une durée de 20 jours de présence dans la même entreprise, y compris de manière discontinue, il donne lieu, à l'issue de cette période, au bénéfice de l'apprenti junior au versement par cette entreprise d'une gratification correspondant à 20 % du salaire minimum de croissance par heure d'activité, sans préjudice du remboursement éventuel par l'entreprise des frais de nourriture et de transport.

A l'issue de chaque phase de formation, les éléments du socle commun de connaissances et de compétences acquis par l'apprenti junior sont validés et inscrits dans un livret d'apprenti junior.

L'élève en parcours d'initiation aux métiers, avec l'accord de son représentant légal, peut signer un contrat d'apprentissage à partir de quinze ans si, au vu d'un bilan portant notamment sur les connaissances et les compétences acquises, il est jugé apte à poursuivre l'acquisition du socle commun de connaissances et de compétences par la voie de l'apprentissage.

Si l'élève en parcours d'initiation aux métiers n'est pas jugé apte à poursuivre l'acquisition du socle commun de connaissances et de compétences par la voie de l'apprentissage, il reprend sa scolarité dans les conditions définies à l'article D. 337-171 ou poursuit le parcours d'initiation aux métiers sous statut scolaire dans un lycée professionnel ou dans un centre de formation d'apprentis.

Lorsque, en application du troisième alinéa de l'article L. 337-3 , l'apprenti junior demande à mettre fin à sa formation pour reprendre sa scolarité dans un collège ou un établissement d'enseignement agricole ou maritime, il est procédé lors de son retour à un bilan approfondi au vu duquel il intègre la classe qui correspond au niveau de connaissances et de compétences qu'il a atteint.