Les établissements publics de recherche ont soit un caractère industriel et commercial, soit un caractère administratif. Les établissements publics à caractère scientifique et technologique ont un caractère administratif.

Tout établissement public de recherche conclut avec l'Etat des contrats pluriannuels qui définissent, pour l'ensemble de ses activités, les objectifs de l'établissement ainsi que les engagements réciproques des parties. L'exécution de ces contrats fait l'objet d'une évaluation.

L'État tient compte des résultats de l'évaluation réalisée par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, en particulier des résultats obtenus en application des dispositions de l'article L. 114-3-2 du code de la recherche , pour déterminer les engagements financiers qu'il prend envers les établissements dans le cadre des contrats pluriannuels susmentionnés.

Les établissements publics de recherche sont autorisés à transiger au sens de l'article 2044 du code civil , dans des conditions fixées par décret.

Un établissement ou un organisme public ou privé concourant aux missions du service public de la recherche peut être rattaché à un établissement public à caractère scientifique et technologique ou à un établissement public à caractère industriel ou commercial ayant une mission de recherche, par décret, sur sa demande et sur proposition du ou des établissements auxquels ce rattachement est demandé. En cas de rattachement, les établissements conservent leur personnalité morale et leur autonomie financière.