Le régime de protection des zones protégées est régi par les dispositions des articles 413-7, 413-8 et des articles R. 413-1 à R. 413-5 du code pénal .

Les autorités compétentes pour définir, au nom du ministre de la défense, le besoin de protection des installations sont :
1° Le chef d'état-major des armées pour les départements d'outre-mer, la Polynésie française, les îles Wallis-et-Futuna, les Terres australes et antarctiques françaises, la Nouvelle-Calédonie, Mayotte, Saint-Barthélemy, Saint-Martin, et les organismes interarmées ;
2° Le délégué général pour l'armement, le secrétaire général pour l'administration, les chefs d'état-major, le directeur général de la sécurité extérieure, le directeur général de la gendarmerie nationale, le directeur de la protection et de la sécurité de la défense et les directeurs centraux de service qui ne relèvent pas d'un chef d'état-major d'armée pour les installations relevant de leur responsabilité.

Les officiers généraux commandants supérieurs des forces armées dans les départements d'outre-mer, en Polynésie française, dans les îles Wallis-et-Futuna, dans les Terres australes et antarctiques françaises, en Nouvelle-Calédonie, à Mayotte, à Saint-Barthélemy, à Saint-Martin, l'officier général commandant de la défense aérienne et des opérations aériennes et les commandants organiques à compétence territoriale, dont la liste est fixée par le ministre de la défense, reçoivent délégation de pouvoirs pour déterminer par arrêté, à l'intérieur des établissements et services relevant de leur commandement, l'implantation et les limites des zones protégées prévues au premier alinéa de l'article R. 413-3 du code pénal . Ils établissent en application de l'article R. 413-5, premier alinéa du même code, les directives fixant les conditions dans lesquelles sont délivrées les autorisations de pénétrer dans ces zones.
Ces autorités sont habilitées à déléguer leur signature.

Le chef d'état-major des armées, le délégué général pour l'armement, le secrétaire général pour l'administration, le directeur général de la sécurité extérieure, le directeur de la protection et de la sécurité de la défense, le directeur central du service de santé des armées et le directeur central du service des essences des armées peuvent, au nom du ministre de la défense, par délégation de signature, procéder aux actes prévus à l'article D. 2362-3 pour les organismes et établissements relevant de leur autorité.